萬海航運創立於民國五十四年二月二十四日，初期以從事台灣、日本、東南亞間原木運輸為主要營業範圍。爾後鑒於國際海運有逐漸邁入貨櫃化服務之趨勢，乃於民國六十五年七月間購置全貨櫃輪，開始台灣至日本貨櫃運輸服務，而從此樹立了本公司貨櫃服務的里程碑。往後數年本公司陸續擴充船隊、船舶設備，並積極開闢新航線，進而成為遠東地區航次最密集、服務網路最完整之航運公司。